Stefano Malfatti approda nel mondo del nonprofit attraverso il servizio civile e inizia la sua esperienza professionale nella Fondazione Don Gnocchi, attiva da oltre 50 anni – sul territorio nazionale e internazionale – nella sanità, ricerca, assistenza e formazione. Ha ricoperto diversi ruoli nel corso di 16 anni di anzianità. Prima in Direzione Generale come controller e poi come Capo di Gabinetto di Presidenza. Da 6 anni – per attitudine e formazione – ha iniziato ad occuparsi di fundraising  per assumerne recentemente la responsabilità nella gestione e per lo sviluppo.